Pour réaliser un système e-Gouvernement, il est d’abord nécessaire de mettre en place un système national d’échange de données. Un tel système servirait d’interagiciel entre les différents systèmes d’information de l’administration et assurera ainsi la communication entre les différentes applications métiers de l’administration publique.

Pour son système national d’échange de données, l’Agence a retenu X-ROAD. Parmi les systèmes dits ESB (Enterprise Service Bus) qui facilitent l’échange de données, X-ROAD développé et publié sous licence open source par l’Estonie est le seul système destiné exclusivement aux échanges de données des services publics.

Avec la mise en place de l'interopérabilité et le développement de politiques d'inclusion numérique, l'ANSIE est une force motrice d'innovation et de réduction de la charge administrative à Djibouti, profitant des possibilités que les développements technologiques les plus moderne tels que les services web ont ouvert. L'évolution du rôle des citoyens vis-à-vis du gouvernement, ainsi que l'évolution de l'exercice de leurs droits en font un domaine prioritaire dans les processus d'innovation menés par l'ANSIE, qui visent à parvenir à un environnement plus efficace, plus effectif, plus convivial et la prestation de services publics centrée sur les citoyens.

L'interopérabilité est multidimensionnelle, les opportunités qu'elle présente sont énormes. Le cadre d'interopérabilité de Djibouti développé par l'Agence en collaboration avec des experts mondiaux en e-gouvernance, vise à fournir les décisions les plus pertinentes concernant les cadres organisationnels, sémantiques et juridiques. Outre l'architecture technique, dont le respect est obligatoire pour les secteurs privé et public afin de permettre le développement rapide des e-Services proposés par le gouvernement de Djibouti.